En virtud de las distintas políticas sociales establecidas por el Gobierno central, se han creado los siguientes Fondos Especiales, que son administrados por TGR:
- Fondo de Apoyo Regional
- Fondo para Diagnósticos y Tratamientos de Alto Costo (Ley 20.850, conocida como Ricarte Soto)
- Fondo para Bonificación al Retiro (de empleados públicos)
- Fondo de Estabilización de Tarifas Eléctricas